私は金版が初プレイだったのですが、ソフト紛失で最後までプレイできなかったので、
今回のVCにより今の知識をもってしてやり直したいと思っています。
以下では当記事で話題にされたいくつかの要素について、あれこれこねくり回してみた考えを返信してみます。

＞タマゴ
実は育て屋で見つかるタマゴは、育て屋が親の遺伝子をかけ合わせて作った人工の産物……というトンデモ設定を思いつきました。
さすがにそれは冗談としても、野生のポケモンと人と共に生きるポケモンでは振る舞いが異なるのかもしれません。いつぞやのバトルパレスでもそんな説明があったような……
もともと初代の時点でほとんどのポケモンが物真似を使えることなどから、すべてのポケモンが同質の存在であるように思えてきます。
（物真似を覚えないポケモンはたいてい進化で覚えるようになる、唯一進化しないメタモンは強化物真似というべき変身を覚えている）

野生のポケモンが生物として振る舞うのならば、人と共に生きるポケモンはより概念としての振る舞いを見せるのかもしれません。
先に挙げた物真似もマシン技で、初代ではだれも自力習得しませんし。

それから、育て屋で繁殖可能かどうかで伝説とそれ以外の区別を明確にしたという側面はあるでしょう。アンノーンという例外はあるにせよ。

＞時間帯
昼間に学校や仕事がある大部分のプレイヤーにとって、主なプレイ時間が夜になってしまうという問題はありますね……
24時間ぶっ続けでプレイが非現実的な以上、ゲーム内の時間は抽象化すべき（プレイしていない時間を夜と思うとか）だとは思っています。

＞カントーと伝説のトレーナー達
世界観上の問題としては、正体不明なのでいくらでも言い繕える白銀山のトレーナー（いわゆる「レッド」）より、むしろ社会的地位があり他者から「グリーン」と呼ばれている新トキワジムリーダーの方が大きな問題となる気がします。
白銀山のトレーナーはHGSSだと旧友にだけは会っている様子ですが、どのみち実家には帰っていないようで……
白銀山のやつは非実体系の存在（俗にいう幽霊的な何か）だが、本当の初代主人公は別の場所に健在とかだとそれはそれでSCP的な現代ホラーの雰囲気を帯びてきます。
もともと伝説のトレーナーの名前が何であるとか（レッドとかグリーンとかサトシとかシゲルとか任意入力とか）、性別とか（FLで女主人公を選べる）経歴などがどう伝わっているとか、人間の認識なんて曖昧なものかもしれません。
そういうことをつぶやいている人もいました。
twitter.com/586/status/781846862173122560
twitter.com/586/status/898900442301648896

まあ初代と金銀は別世界、ということにしてもいいといえばいいとは思いますが。
物証はありますし、そういうファンの考察も見かけますし。
www.gamefreak.co.jp/POKEMON/Q&A/Q&A_3/QA_3.HTM
fusetter.com/tw/Qnl0i
ch.nicovideo.jp/kaeru_boiled/blomaga/ar753562

記事とは直接関係ないのですが、物真似に関連して面白そうなことを思いついたので書いておきます。
物真似による二重変身を応用すれば、メタモンだけでなく任意の種族に対して個体値をコピーできそうな気がしました。

・用意するポケモン
(A)目的の個体値を持ったポケモン（FFFFの公式ミュウとか、EAAAの色違いギャラドスとか）
技：変身のみ、覚えなければ物真似のみ
状態：毒か火傷
(B)相手を眠らせるポケモン
技：キノコの胞子、他は適当
(C)目的の個体値にしたいポケモン
技：物真似のみ

・手順
Aを先頭にし、野生のメタモンに出会う
Aの物真似、メタモンの変身
笛でも吹いて時間稼ぎ、メタモンの変身で個体値コピー
Aが毒か火傷で自滅するまで、そのまま笛を吹き続ける
Bを場に出し、キノコの胞子でメタモンを眠らせる
BをCに交代させる。ここでメタモンが起きたら最初からやり直し
Cの物真似で変身をコピー。たとえメタモンが起きても、このターンは変身を使えないので続行できるはず
Cが2回変身して個体値をコピー

他に、目的の個体値にしたいポケモン(C)が変身を覚えるなら、目的の個体値を持ったポケモン(A)が自滅した直後に出すことで催眠要員(B)を省略できます。
この方法で公式ミュウの個体値をFFFF以外に（それこそ色違いにも）変更できそうです。

ポケモンごとの共通の振る舞いというのはゲームのデータとして扱う以上は当然という部分が大いにあるので、それを生物的な部分にまで適応してしまうのはちょっと考え物かも知れません。
特に物真似については、もともとゲーム内でも人間の特技として登場しますからね。
そういえばヤマブキジムには「サイコキネシスをマスターしてポケモンに覚えさせようという祈祷師」がいたりするので、物真似のマシンについてもそれと同様なのかも。

物真似による個体値コピー、以前試してみたのですができませんでした。どうやら野生として出てきた敵側のみのようです。

＞グリーン
名前はともかく、初代の時点でキャラ立ちがしっかりしていましたからね。
オーキドの孫にして元チャンピオンという彼の落ち着く先として、実家近くで空席になったトキワジムリーダーというのは個人的には非常にしっくりくるものでした。

いくらパラレルワールドと割り切るとはいっても、仮にもプレイヤーの分身だった「主人公」と比べると格段に使いやすいキャラなんだろうと思います。

＞物真似
検証ありがとうございます。つまりVC産ミュウは正規には色違いになりえない……と

さておき、生物的な部分を強調したいのであれば、マルマインにパンチやキックをさせる技など作るなという話になってしまうでしょう。
もともとこの技自体が単独プレイと通信対戦で異なる効果を持つ（だっけ？）など、やけに複雑なものですし。
技教え人はクリスタルが初登場でFLにも存在しますが、初代の時点ですでに「人がポケモンに技を教える」という発想があったことは興味深いです。

＞グリーン
まあとりあえず、ニックネームか偽名か通称のようなものと思っておくことにしましょうか。
あるいは、某漫画の「緑川」姓を借用するのも一手でしょうか。これだとオーキドは母方ということになりますがたぶん大丈夫なはず（曖昧）。

もともと我々プレイヤーは、主人公という端末を通してしかポケモン世界と関われないのですし、当然ゲーム画面に映し出される世界は主人公や身近な人物の主観や知識の偏りが入ったものになるはず。
並行世界というのも、SF的な仰々しいものというよりは、むしろ他者との認識の違いという解釈の方が人によってはしっくりくるかも。
関連した考察を見つけて以前チャットで上げたのですが、備忘録がてら再度上げておきます。
report-nunipoke.blog.jp/archives/1041778942.html

サンムーンのバトルツリーシングル20連勝おめでとうございます。（前置き）

パラレルワールド云々を抜きにしても、タイムカプセルの通信相手と、白銀山のトレーナーを同一視すべきかという問題は確かにあるんですよね…
大多数のプレイヤーはこの辺どう折り合いつけてるんだろう…？

私もFRとHGはプレイ済み（さらにFRの主人公名は「レッド」）なのですが、それでさえ白銀山の「レッド」がFR主人公の将来の姿、という気は確かにしませんでしたし。
パルパークでポケモンを送ってくる（実際に行動に移すかはさておき）人こそが本来の主人公で、白銀山のトレーナーは勝手に姿を模した打ち倒すべき敵という意識でした。

主人公への感情移入度が大きい上、通信機能により過去作を遊ぶ意義が大きいポケモンというゲームで、前作主人公は軽はずみに扱えないものだとは思います。
後のBW2でも、BW1の主人公は直接登場しませんし。
（PWTの没データは「BW1のサブウェイマルチで協力するトレーナー」でいいのかな？　英語だと名前が「Hilbert」「Hilda」だし。何にしても紆余曲折の痕跡は見える）

まあとりあえず、白銀山のトレーナーはかつてマサラタウンを旅立ったトレーナーが将来とりえる一つの可能性、ぐらいに思っといたらいいのでしょうかね…
別の可能性を見たければサブロム回せばいいのですし。
（なんとなく、1つ1つのセーブデータがそれぞれ主人公の取りうる可能性みたいなイメージを持っています。そのあたりも将来まとめたい…）