バグ関連（特に重要・危険と思われるものから順に）

• 並べ替えカーソルの残存（いわゆるセレクトバグの起点）
  
• セーブ中の電源落としによる不具合（ポケモン増殖、任意コード実行の起点、というかそれ以前にデータが狂う）
  
• いわゆるfifth法
  

• 一方通行のNPCに挟まれてポケモンセンターから出られなくなる
  
• 図鑑を貰う前に捕まえた数を増やす（具体的には最初のポケモンを進化させる）と図鑑がもらえない
  

• 変身中の技入れ替えによる技の消滅
  
• 通信対戦でdesyncを引き起こす要素（カウンター、まきつく等）
  
• ボックスが一杯の状態でトキワシティの爺さんに捕まえ方をレクチャーされるとハマる問題（そもそもボックスの仕様自体がメモリ節約のためのやむを得ないものであるが）
  
• ポイントアップを使ったポケモンは悪あがきが出せなくなる（トレーナー戦で他に手持ちがいないとハマる）
  
• ふたご島の調べるとおかしくなるスポット
  

• ガラガラの幽霊をピッピ人形で退散させる
  

• ヤマブキジムでは敗北してもトレーナーの撃破フラグが立つ
  
• 隠しアイテムのミス（ダウジング誤反応、フラグの共有と復活）
  

• 空を飛ぶ（穴を掘る）中に行動不能になると、以降は永続的に空中（地中）に留まって技が当たらなくなる
  
• メタモン以外が変身（オウム返しor指を振る）した場合でも、捕まえるとメタモンになる
  
• 凍りが溶けた直後の異常行動
  
• 身代わりに対する自爆（なぜか倒れない）
  
• 気合溜めの効果（急所率が1/4になってしまう）
  
• スピードスターの効果（海外版では修正済み）
  
• 戦闘中のパラメータ変化の不自然な挙動（バッジ効果の重複発動、高速移動で麻痺の素早さダウン上書きなど。仕様と言えば仕様）
  
• 学習装置を持った状態でポケモンを入れ替えてから倒すと、入れ替えによる分割後の経験値が学習装置による分配のベースとなる
  

• 旅館の透明パソコン
  
• 通行人が屋根やカウンターの上に一瞬出現する
  

メッセージ・表現関連

• 誤字（「おまちどうさま」他）
  
• 「じごくぐるま　」の無意味な空白
  
• 仕様と食い違う説明（エフェクトガードの広告、岩雪崩の追加効果、エスパーはゴーストが苦手など）
  
• 実在団体への配慮（ボーイスカウト・ガールスカウト）
  
• 差別用語の忌避（"ジプシー"ジャグラー）
  
• ルージュラの顔の色（ポケカGBのVC版ではパレット置換で強引に対処、モノクロだから問題にならない？）
  

ゲームバランス

• 赤・緑では非売品のマックスアップ
  
• 吹雪の凍結率（海外版では1割らしい？）
  
• 命中率・回避率の変化量
  
• 悪あがきがゴーストに当たらないこと
  
• 秘伝技の保護（関連記事）
  
• 資金不足時のサファリ入場（ピカ版では可能）
  

その他

• 海外版との互換性確保（前提として仕様の統一が必要）